Pierwsze odnalezione na terenie miasta ślady osadnictwa sięgają VI w. n. e. Od XI w. obszary te stały się areną walk o panowanie nad Podlasiem; pomiędzy książętami polskimi i książąt ruskich, zapuszczali się także w swoich wyprawach Litwini i Jaćwingowie. Osadę początkował gród obronny zbudowany nad rzeką Cetynią.
Położone na trakcie litewskim osiedle otrzymało prawa miejskie w 1424 roku, z rąk wielkiego księcia litewskiego Witolda. W 1508 roku dziedzic miasta, Stanisław Sokołowski, zapisał swoje dobra hetmanowi wielkiemu litewskiemu Stanisławowi Kiszce. W 1569 r. Anna Kiszczyna, wdowa po Stanisławie, przekazała Sokołów i okoliczne wsie synowi – Janowi Kiszce, wojewodzie brzeskiemu. Oboje byli zwolennikami arianizmu i w 1562 r. usunęli katolików z ich kościoła. W 1592 roku, Sokołów z ręką Elżbiety Kiszczyny otrzymał hetman Krzysztof „Piorun” Radziwiłł. XVI to okres rozwoju miasta zahamowany przez najazd w 1655 r. Podczas „potopu” miasto było znacznie zniszczone przez wojska szwedzkie i sojusznicze.
W 1664 roku od księcia Bogusława Radziwiłła kupił miasto Jan Kazimierz Krasiński. Po śmierci Błażeja Krasińskiego Sokołów odziedziczyli Lipscy, od nich w 1761 r. kupił miasto Ignacy Ogiński. Michał Kleofas Ogiński (słynny kompozytor i twórca poloneza „Pożegnanie Ojczyzna”) sprowadził rzemieślników francuskich którzy rozpoczęli produkcję towarów luksusowych: chustek jedwabnych, kapeluszy, kobierców, tkanin i pasów kontuszowych. W roku 1833 dobra sokołowskie nabył od Ogińskiego Karol Kobyliński, który 10 lat później sprzedał je Elżbiecie z Lorentzów Hirschman, która wybudowała cukrownię „Elżbietów” (1845) w Przeździatce.
W czasie powstania styczniowego sokołowianie masowo opowiedzieli się za powstaniem. Robotnicy z cukrowni wzięli udział w słynnej bitwie pod Węgrowem. Nie przypadkiem aż do wiosny 1865 r. walczył tu jeden z legendarnych przywódców powstania, gen. ksiądz Stanisław Brzóska. Po aresztowaniu został skazany przez władze carskie i powieszony go wraz z adiutantem w Sokołowie 23 maja 1865. W 1925 roku na miejscu stracenia ustawiony został kamienny obelisk z figurą Orła Białego.
W roku 1867 Sokołów przeszedł na własność państwa. Dalszy rozwój i uprzemysłowienie zawdzięcza cukrowni założonej w 1845 r. i linii kolejowej ukończonej w 1887 r. W Sokołowie powstała ponadto fabryka octu i świec, sześć wiatraków, pięć garbarni, dwie olejarnie i cegielnia. Swoje warsztaty miało tu 200 kuśnierzy, 500 szewców i około 200 innych rzemieślników.
W czasie II wojny światowej Sokołów poniósł ciężkie straty. Znaczną liczbę ludności żydowskiej wymordowano w getcie, pozostałych wywieziono do obozu zagłady w Treblince. Działania wojenne zniszczyły 30% budynków mieszkalnych i 70% gmachów urzędowych.
Pierwszy drewniany kościół w Sokołowie Podlaskim pw. Trójcy Przenajświętszej, św. Michała Archanioła i św. Małgorzaty ufundował w 1415 roku dziedzic Sokołowa – Mikołaj Sepieński dworzanin wielkiego księcia litewskiego Witolda. Dziedzic Sokołowa – Karol Kobyliński zwany „Książko” ufundował w latach 1820-1826 roku murowany kościół, pw. św. Michała Archanioła. Na miejscu zniszczonej w 1944 r. świątyni w roku 1948 rozpoczęto budowę kościoła pw. Niepokalanego Serca NMP projektu arch. Andrzeja Boni z Warszawy, który nawiązał do na swojego wcześniejszego projektu – kościoła pw. Najczystszego Serca NMP na placu Szembeka w Warszawie.
W 1596 r. erygowano w Sokołowie parafię unicką pod wezwaniem Wstawiennictwa NMP ; wcześniej mogła zapewne istnieć tu cerkiew prawosławna. Po powstaniu styczniowym w. unici poddani byli ostrym prześladowaniom przez władze rosyjskie, a ich cerkiew została zamieniona na prawosławną. Drewniana cerkiew stała w miejscu obecnej Szkoły Podstawowej nr 3, potem przeniesiono ją na cmentarz; rozebrano ją w 1954 r.
Początkowo właściciele Sokołowa mieszkali poza miastem, m.in. we dworze w Kupientynie. W XVIII w. powstał w Przeździatce okazały dwór modrzewiowy. Michał Kleofas Ogiński przyjmował tu 5 XII 1793 r. króla Stanisława Augusta Poniatowskiego.
Budowę murowanej rezydencji w stylu neorenesansowym wg projektu Henryka Marconiego rozpoczęto w 1859 r. na zlecenie Hirszmanów. Okazały pałac posiadał trzydzieści pokoi, oranżerię, duży taras. Otaczał go duży park w stylu krajobrazowym, dzieło Waleriana Kronenberga z 1898 r., z dużym stawem. W czasie II wojny światowej pałac zajmował osławiony starosta sokołowsko-węgrowski, Sturmbanfhrer SS, brutalny i okrutny Ernst Gramss, który zmienił niewymawialną dla Niemców nazwę Przeździatka na odpowiadający pompatycznemu stylowi III Rzeszy „Falkenhorst” („Sokole gniazdo”).
Po ustąpieniu Niemców w sierpniu 1944 r. Rosjanie zorganizowali w pałacu szpital wojskowy, przekształcony następnie po gruntownej przebudowie (ze szkodą dla zabytku) w szpital publiczny istniejący do końca lat 80. XX w. Obecnie budynek mieści Dom Miłosierdzia, otaczający go park jest miejscem rekreacji dla mieszkańców Sokołowa i spektakularnych artystycznych imprez plenerowych organizowanych przez Sokołowski Ośrodek Kultury.
Opowieść o
nadaniu nazwy rzeczce Cetyni przepływającej przez Sokołów
Legenda sięgająca jeszcze czasów jaćwieskich mówi, że pewnego razu polski książę zakochał się w pięknej księżniczce, córce Kumata, wielkiego wodza Jaćwingów. Ta jednak odrzuciła jego zaloty. Rozwścieczony konkurent sprowadził pod nieobecność Kumata potężne wojsko i rozpoczął oblężenie grodu „aby siłą zdobyć to, czego mu dobrowolnie omówiono” jak mówi dawna pieśń. Załoga mężnie i długo stawiała opór najeźdźcom zachęcana przykładem walecznej księżniczki dowodzącej obroną, ale pewnego dnia napastnicy wdarli się do warowni dzięki zdradzie jednego z przekupionych obrońcy. Dziewczyna widząc, że wszystko stracone, skoczyła z wałów grodowych do rzeki i utonęła, wybierając raczej śmierć niż hańbę. Od tej pory rzeka, w której utonęła dumna księżniczka, wzięła od niej swoje imię i nazywa się tak aż do dziś dnia- Cetynia.